Sinds de Alteratie in 1579 stond in de kerk van Yerseke geen orgel en was een voorzanger de aanjager van de gemeentezang. Van 1872 tot 1885 vervulde dhr. A Witte deze rol en gebruikte daarbij een soort trompet om voorafgaande aan het te zingen lied de juiste toonhoogte aan te geven. In 1885 was de tijd rijp voor een orgel in de Hervormde kerk van Yerseke. Uiteindelijk werd op 30 april 1888 een instrument in gebruik genomen dat voor  f1.500,- werd gekocht van de firma Ypma te Alkmaar. Dit orgel is afkomstig van de Rooms Katholieke parochiekerk van Zoeterwoude. Dit zou dan het orgel zijn dat volgens Broekhuyzen in 1744 werd gebouwd door Jacob Francois Moreau voor de Rooms Katholieke kerk in de Leeuwstraat te Rotterdam. In 1778 werd het orgel aangekocht door de parochie te Zoeterwoude.

De dispositie van het Moreau-orgel (1744) vanaf 1777:

Overige gegevens:

Manuaalomvang: C-g’’’
Pedaalomvang: C-f'
Stemming: evenredig zwevend
Toonhoogte: a’ = 440 Hz
Tractuur: mechanische sleepladen

In 1929 werd aan de fa. Valckx & Van Kouteren en Co. te Rotterdam opdracht gegeven tot restauratie van het orgel van deze kerk. Daarbij werd een Echo trompet 8' bijgeplaatst. Het orgel is samen met de kerk verloren gaan tijdens beschietingen in de Tweede Wereldoorlog in 1940.

Het Moreau orgel in 1906.	Hetzelfde orgel na restauratie in 1929.

De kerk werd na de verwoesting van 9 mei 1940 opgebouwd, echter met diverse aanpassingen. In 1948 werd de kerk weer in gebruik genomen, echter zonder orgel. Tot 1952 stond er een harmonium achter een loze orgelpijpopstelling in het koor van de kerk.

Na voltooiing van de wederopbouw is op woensdag 9 april 1952 een nieuw orgel in gebruik genomen. Gebouwd door orgelbouwer D.A. Flentrop uit Zaandam. De orgelombouw en front zijn een ontwerp van architect J.W. Janzen uit Den Haag. De bouw van het Flentrop orgel werd mede mogelijk gemaakt doordat de heer L. Plansoen, een oud-Yersekenaar die in 1910 naar de USA was geëmigreerd, financiële middelen ter beschikking stelde in aanvulling op de ontoereikende bijdrage van het Ministerie van Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen. 
Het instrument werd voorzien van 21 stemmen, verdeeld over hoofdwerk, rugwerk en pedaal.

Het nieuwe Flentrop orgel in de situatie vanaf 1952 tot de restauratie/verbouwing in 1976.

In verband met de voorgenomen herbouw van de in 1940 verwoeste toren werd het orgel in 1974 door Flentrop gedemonteerd terwijl door hen een klein, tijdelijk orgel werd geplaatst. Klaas Bolt werd als adviseur ingeschakeld. Op instigatie van de architect werd een andere plaats voor het hoofdorgel gekozen hetgeen in akoestisch opzicht een achteruitgang betekende. Besloten werd de intonatie van de Trompet 8' en Fagot 16' te verbeteren door gebruikmaking van wijdere bekers. Verder werd een tremulant toegevoegd. Een geplande wijziging van het front ging niet door. Ook onderging het orgel geen wijzigingen ondanks de ontwikkelingen in de orgelbouw gedurende de laatste 20 jaar. Het weer opgebouwde Flentrop-orgel werd op 27 maart 1976 in gebruik genomen. In 2005 is de Spitsgedekt 16’ van het pedaal vervangen door een Bourdon 16’. De werkzaamheden zijn uitgevoerd door de firma A. Nijsse & Zoon.

Overige gegevens:

Manuaalomvang: C-f’’’

Pedaalomvang: C-f' 

Stemming: evenredig zwevend

Toonhoogte: a’ = 440 Hz

Tractuur: mechanische sleepladen

Het Flentrop orgel in de huidige situatie.

Klavier van het huidige orgel

Zie ook: http://www.orgelsinzeeland.nl